L’objet de la Concertation des Eglises Indépendantes est de regrouper les Églises évangéliques indépendantes et de les représenter auprès des autorités publiques en passant par les différents organes de la Chambre Francophone du Synode Fédéral (CFSF), du Synode Fédéral (SF) et du Conseil Administratif du Culte Protestant et Évangélique (C.A.C.P.E.).

La CEI défend les intérêts administratifs et/ou moraux des Églises qui la constituent et traite les dossiers de reconnaissances des églises locales par l’Etat.